V minulosti bol systém iOS terčom kritiky v súvislosti s nezabezpečeným prístupom k osobným údajom používateľa zo strany Applu a vývojárov iOS aplikácií. Apple si na svojich serveroch ukladal údaje o používateľovej aktuálnej polohe a programátori mali zasa skrz svojich aplikácií prístup k používateľským kontaktom či fotografiám, ktoré sa následne opäť ukladali na ich serveroch.
iOS 6 sa však okrem nových funkcií zameriava aj na zvýšenie bezpečnosti používateľa. Novinkou bude nutnosť potvrdiť prístup aplikácií k osobným údajom. Po inštalácii aplikácie a jej prvom spustení sa objaví hlásenie, ktorá používateľa informuje, že aplikácia pristupuje k určitým osobným údajom – používateľ bude mať možnosť prístup povoliť alebo zakázať. V nastaveniach iOS 6 sa tiež objaví sekcia Privacy Settings (Ochrana súkromia), v ktorej si používateľ bude môcť jednoducho nastaviť prístup k osobným údajom pri všetkých nainštalovaných aplikáciách. Podobné nastavenie sa objaví aj vo „veľkom“ operačnom systéme OS X 10.8 Mountain Lion.
